裸仁南瓜籽与普通南瓜籽的主要区别在于种皮的存在与否。裸仁南瓜籽没有种皮，因此可以直接得到完整的果仁，这有利于进行深加工。而普通南瓜籽则有外皮，通常需要脱壳处理。

在外观上，裸仁南瓜籽与普通南瓜籽也存在差异。普通南瓜籽通常较小，个头均匀，外皮颜色较浅，多为浅黄色或白色；而裸仁南瓜籽则较大，形状不规则，颜色较深，可能是深绿色或深灰色

营养价值方面，裸仁南瓜籽和普通南瓜籽也有所不同。裸仁南瓜籽含有丰富的蛋白质、脂肪、碳水化合物、维生素E、不饱和脂肪酸等成分，尤其是维生素E的含量比普通南瓜籽要高得多。相比之下，普通南瓜籽的营养含量相对较低，但也富含维生素B、锌、钾等元素。

口感上，裸仁南瓜籽表面较硬，口感脆，嚼起来有一定难度；而普通南瓜籽则较为柔软，口感较为顺滑。