如果遇到值班大夫擅离职守的情况，可以通过以下方式进行投诉：

1. 在医院投诉窗口投诉，说明情况，提供证据。

2. 联系医院的病人服务中心或医务部门反映问题，要求调查处理。

3. 向相关部门举报投诉，如卫生监督机构、医疗管理部门等。

投诉时要有确切的证据来支持，以便让医院或相关部门能够对投诉进行调查和处理。