印度尼西亚的气候类型多样，一方面受季风影响而呈热带季风气候，另一方面由于地处赤道和海洋环绕，又呈热带雨林气候。整个印尼境内温度高，相对湿度大，雨季多且持续时间长，全年雨量充沛。气候随地形、海拔和植被的变化而有所不同，出现短暂干季，如在巴厘岛、龙目岛等地。

强烈的地震和火山活动也因为地质原因影响着印尼的气候和环境，造成了极端自然灾害。