港澳通行证探亲证三个月多次与一年多次的区别只在于该多次往返港澳地区的准许一个是自签发日起有效三个月，另一个可有效一年。

就每一次停留而言上二者相同，均是最多停留90天。假如均完全停留90天，在返回大陆后又仍需赴港澳地区，前者要申请新的签注，而后者可以直接前往港澳，直到一年期满时才需申请新签注。