环保部门发证因为污水处理工程师是从事环境保护工作的专业人员，其职责是负责污水处理设施的设计、建设、运营和管理。

因此，污水处理工程师证的发证部门应该是负责环境保护工作的相关机构，即环保部门。

污水处理工程师证的发证部门可能因国家和地区而异。

在不同国家或地区，可能存在不同的环保部门或相关机构负责发证工作。

此外，不同国家或地区对污水处理工程师的资格认定标准和要求也可能有所不同。

因此，如果有意成为污水处理工程师，应当了解所在国家或地区的相关法规和政策，并按照规定的程序申请相应的证书。