专项扣除合计金额不对，有以下两种修改方法：

通过扣缴义务人修改 。扣缴义务人可在扣缴客户端的"人员信息采集""专项附加扣除信息采集""修改"界面修改后，点击"报送"提交即可。

通过个人所得税APP修改 。打开个人所得税APP，点击首页下方的"办税"按钮，选择"专项附加扣除修改和作废"，选择需要修改的年份，点击对应的扣除项目，然后点击下方的"修改"按钮，选择"修改申报方式""确认提交"即可。