1、国际认证菌株来源

选择菌株时，可留意菌株是否有政府／大机构，如有美国FDA／欧洲EFSA认证，证明菌株安全有效。

2、选择有多项研究证明效用的益生菌株

益生菌有份不同的属，如乳桿菌（Lactobacillus）或双歧桿菌（Bifidobacterium）等。而在研究中，大多数都是用特定菌株进行，但益生菌有数以万计的不同菌株，可想而知不可能所有菌株都会有足够的科研研究来证明效用。

3、菌种不是越多越好

有研究把15种菌种的混合益生菌和其中4种混合菌种作比对，发现15种混合菌种的表现反而比4种来得差。因为太多不同的益生菌同时走进肠道，它们会互相争夺有限的生存空间。但亦有一些组合，如双歧桿菌（Bifidobacterium lactis）和嗜酸乳桿菌（Lactobacillus acidophilus）会互惠共生，互补不足。简单来说：「人多手脚乱」，普遍2至4种组合即可。

4、益菌数目不是越多越好

身体一次接收不了太多益生菌，多余的只好排出体外；有时甚至会造成腹泻，得不偿失。至于多少最好，就要看菌种及所需效果：10至500亿已够日常保健。除了足够的数目，适合的肠道环境亦十分重要。

5、存活率高

传统益生菌需要特定储存环境才可存活；益生菌亦要通过唾液、胃酸、胆汁的考验，才能到达肠道，发挥作用；还要有一定的依附性，方能落户生长。存活率高的益生菌产品当然是较佳的选择。

6、选择无添加的补充剂

有些益生菌补充剂会添加不少与其效用无关的化合物，如香味剂、色素、调节剂等。虽然可以食用的基本上都安全；但不必要的添加物多吃无益。有些添加物更有可能引发过敏反应，有过敏前科者要多加留意。