使用Flask连接多个数据库需要进行以下步骤：

首先，需要使用Flask提供的SQLAlchemy库来处理数据库连接操作；

然后，在配置文件中使用多个配置字典，每个配置字典对应一个数据库，并在每个配置字典中设置连接信息；

接着，在Flask应用中使用SQLAlchemy来创建多个数据库引擎实例，每个引擎实例对应一个数据库，并将引擎实例与对应的配置字典绑定；

最后，在应用中可以通过引擎实例来进行数据库操作，从而实现连接多个数据库的功能。