支付宝重疾险分期和年交的区别在于缴费方式和保障期限。分期缴费是指将保费分成多个期限进行支付，通常为月付或季付，可以减轻一次性支付的经济压力。而年交则是一次性支付一年的保费。

保障期限方面，分期缴费的保障期限一般为一年，到期后需要续保；而年交则是一次性购买一年的保障期限，到期后需要重新购买。选择分期还是年交取决于个人经济状况和保险需求。