根据相关新闻报道，渤海银珠号客轮因为违反了国家交通运输部门的相关规定而被责令停航。具体原因包括客轮的安全设备不符合要求、客舱内消防设备不完备等。此外，客轮还存在超载的情况，且运营方未按规定进行船员培训和考核。因此，为保障乘客的安全，相关部门责令其停航整顿。