年上海个体工商户在选择对公账户与个人三方协议时，应根据自己的业务需求、财务管理情况以及便利性等因素进行考虑。以下是两种选择的优缺点，供您参考：

### 对公账户

#### 优点：

1. **专业性**：对公账户更符合企业的正规运作，有助于提升企业形象。

2. **资金管理**：对公账户的资金流水更清晰，便于进行财务管理和税务申报。

3. **安全性**：对公账户通常有更高的安全保障措施，减少资金风险。

4. **扩展性**：如果业务规模扩大，对公账户更容易进行升级和服务拓展。

#### 缺点：

1. **手续费**：对公账户可能需要支付一定的账户管理费、手续费等。

2. **办理流程**：开设对公账户的流程相对复杂，需要提供较多资料。

### 个人三方协议

#### 优点：

1. **便捷性**：个人三方协议通常办理流程简单快捷，手续较少。

2. **成本**：可能没有或较低的账户管理费用。

3. **灵活性**：个人账户使用灵活，转账、支付等操作限制相对较少。

#### 缺点：

1. **财务混同**：个人账户与个人资产混同，不利于区分个人与企业财务。

2. **税务风险**：可能导致税务申报不清晰，增加税务风险。

3. **形象问题**：使用个人账户进行商业活动可能影响企业形象。

### 建议：

- 如果您的个体工商户业务规模较大，需要规范财务管理，建议选择对公账户。

- 如果您的业务规模较小，对资金管理要求不高，且追求操作便捷性，可以考虑个人三方协议。

- 在选择时，还应考虑长远发展，如果未来业务可能扩大，建议优先考虑对公账户。

最终的选择应根据您的实际情况和需求来确定，同时也可以咨询专业的财务顾问。