国家线单科大于100分的意思是在考研过程中，单科科目的分数线设定超过100分。这通常针对的是一些如专业课等分数较高的科目。

具体来说，如果某科目满分为150分，那么它的国家线可能会设置在90分以上，大于100分的设定意味着考生需要在这门科目上取得更高的分数才能满足国家线的要求。

这样的设定是为了保证考生在各科目上的水平均衡，确保他们具备全面的专业素养。