海底隧道里的消防用水一般由邻近的市政给水管道引入。

为了应对汛期降水，隧道内一般设置了"洞口堵截、低点抽排"的排水体系，采用50年一遇的排涝设计标准。在隧道洞口设置截水带，将雨水引流到旁边的雨水井，并通过抽水泵将雨水抽到隧道外的排水渠，以此截住大部分的雨水，使其不进入隧道内部。另外还会在隧道内设置排水沟，及时把路面的水汇集至海中废水泵房，通过潜污泵机械排出隧道。