两者在实际运营中的主要利弊

１．营利性医疗机构运行的目标是为了追求利润最大化。非营利性医疗机构运行的目标不是为了赚钱，而是为了实现特定社会目标。

２．营利性医疗机构赢利后，投资者对税后利润可以分红。而非营利性医疗机构虽然不以赚钱为目的，但为了扩大医疗规模，也可以适当盈利，但这种盈利只能用于自身发展，不能分红。

３．营利性医疗机构如经营不善而终止业务活动，投资者可以自行处置其剩余资产；而非营利性医疗机构在终止业务活动后，其剩余资产只能由社会管理部门或其他非营利性医疗机构处置。

４．营利性医疗机构和非营利性医疗机构的区别不在于是否有收支结余，而在于其收支结余是否用于投资者回报。非营利性医疗机构的收支结余不能用于投资者的经济回报，也不能为其职工变相分配，所有的利润或盈余只能投入到机构的再发展中，用于购买设备、引进技术、开展新的服务项目，或者用于向公民提供低成本的医疗卫生服务。

5．营利性医疗机构提供的医疗服务实行市场调节价，医疗机构根据实际服务成本和市场供求情况自主制订价格。非营利性医疗机构提供的医疗服务实行政府指导价，医疗机构按照价格主管部门制订的基准价并在其浮动幅度范围内确定本单位的实际医疗服务价格。

6.在社会发生突发卫生事件时，非营利性医疗机构医务人员国家可以调剂。