在《甲铁城的卡巴内瑞》中，并没有明确揭示是谁在控制卡巴内瑞。但是，从剧情中可以推测，卡巴内瑞是由卡巴内咬伤后的人类转化而成的，他们具有卡巴内的无敌身体素质和心脏，同时还保留了人类的独立思考能力。因此，可以认为卡巴内瑞是由他们自己控制的，而不是由外部力量控制的。

此外，剧中也提到了显金驿的领导者四川家总领坚将曾经被卡巴内咬伤并变成了卡巴内瑞，这也进一步说明了卡巴内瑞是由被咬伤的人类转化而来的，而不是由其他人或组织控制的。

总之，在《甲铁城的卡巴内瑞》中，卡巴内瑞是由被咬伤后的人类转化而来的，并且由他们自己控制。