异地就医备案申请时间和结束时间的选择如下：

申请时间。异地就医备案自助开通时间是指申请备案开始的时间，这个时间应早于住院时间。

结束时间。备案的结束时间应晚于住院时间，也就是备案的时间要涵盖整个住院期间。

在填写异地就医备案申请时，就医地要选择自治区本级，不要选择具体的城市。