政教分离的理念最早可以追溯到中世纪的欧洲，当时教会和国家之间存在着复杂的关系。不过，现代意义上的政教分离概念是在启蒙时代逐渐形成的，许多启蒙思想家都提出了政教分离的观点。

其中，法国著名社会学家埃米尔·杜尔凯姆在其著作《迪尔凯姆论宗教》中对政教分离进行了阐述，他认为长老被赋予三重权力：同时主持着家庭的、政治的和宗教的生活，随后，这三项功能失去了联系，宗教功能从其他两者中分离出来。这一观点被认为是政教分离理论的重要基础之一。