风化菩提根后期的颜色会逐渐变成深棕色或黑色。这是因为当菩提根经历长时间的自然风化，其中的水分和木质素会被氧化分解，从而导致颜色的变化。

此外，菩提根在风化过程中，还会渐渐失去其原来的明亮光泽，变得更加沉重和坚硬。

这种自然的变化，反而使得风化菩提根更加具有美感和独特韵味，成为很多人收藏和佩戴的珍品。