南通社保是从1999年开始缴纳的。1999年10月1日起，中国政府实施了社会保险制度改革，南通也纳入了这一改革的范围。该改革包括五项社会保险，即养老保险、医疗保险、工伤保险、生育保险和失业保险。

这些保险的实施旨在为广大劳动者提供更好的社会保障，保障他们的基本权益，提高社会稳定性和经济发展。

因此，从1999年起，南通开始了社会保险的缴纳，为劳动者提供了更好的保障。