南通工伤保险报销流程如下：

员工在工作中发生工伤后，应当立即向单位领导报告。

单位领导得知情况后，应当及时安排员工到医院就诊，并做好工伤认定的申请。

待工伤认定成功后，单位需要向南通市人力资源和社会保障局提交工伤报销申请。

南通工伤保险报销条件：

员工经认定为工伤

医疗终结期满不需要做劳动能力鉴定

申请南通工伤保险报销需要准备的材料包括：《工伤认定申请表》一式一份、与用人单位建立劳动关系、人事关系的有效证明、医疗诊断证明或职业病诊断证明书（或职业病诊断证明鉴定书）、治疗病历及其复印件、工伤职工身份证复印件等。

南通市人力资源和社会保障局审核通过后，会将相应的费用打到申请工伤报销的企业账户，由企业进行给员工报销。

以上内容仅供参考，具体流程和所需材料可能因各地要求而有所不同，建议咨询相关部门或者机构获取具体信息。