南沙凤亭大道修隧道的原因主要有两个。

首先，该区域地势较低，存在地下水位较高的问题，直接修路容易导致沥青路面被水泡冒破，影响行车安全和道路使用寿命。

其次，局部区域经过市政配套建设的规划，要求地下管网和地下通道的布局不得堵塞主干道路，因此修建隧道可以更好地避免对它们的影响。综上所述，修建隧道可以更好地解决南沙凤亭大道地势及市政规划的问题，提升道路安全和使用寿命。