蘑菇的根又称作菌根，是指菌丝体系，是在土壤中分布的一种细胞类群。蘑菇的根与植物的根不同，它并没有主干和侧生根，而是由大量细小的菌丝组成的。这些菌丝可以延伸至几米远，也可以穿透数十米厚的土层，因此蘑菇的根可以非常庞大。不过，由于蘑菇的菌丝普遍生长在土表以下10-15厘米的范围内，所以通常在这个范围内找不到蘑菇的根。在种植蘑菇时，为了让菌丝能够快速生长，需要保持适宜的湿度和温度等环境条件。