南京港的吃水深度因港口不同而异。其中，位于长江岸边、紧邻中华门、贾汪区油墩湾一带的南京港码头，满足14.2万吨中型集装箱船进出口的需要，深水泊位最深处可达14.2米。

而位于草场门滩、秦淮河畔的南京港码头，则满足2万吨以下的小型船只进出口，深水泊位深度在5-8米左右。总的来说，南京港的吃水深度能够满足大部分船只的需求，也为南京市的进出口贸易提供了便利。