性质：贵州农商行是按照商业银行的规范来运营，属于股份制有限公司。而贵州信用总社，即贵州省农村信用社联合社，是由农民入股，由社员民主管理，主要为社员服务的合作性金融组织，其性质是股份合作制。
股东结构：贵州农商行的股权结构比较复杂，既可以是当地的农民，也可以是当地工商户以及企业。而贵州信用总社的股东主要由社员构成。
治理结构：贵州农商行管理比较规范，采用的是现代企业管理制度，设立股东大会，股东大会是贵州农商行最高权力机构。而贵州信用总社的治理模式相对简单，一般在省联社统一指导下，由社员自主管理，自负盈亏。
规模：贵州农商银行的规模通常比贵州信用总社要大，是贵州信用总社的升级版。只有贵州信用总社发展到一定的规模，符合核心资本充足率，资本充足率、不良贷款和呆账准备充足率等各方面的指标，才能升级到贵州农商银行，通过银保监会审核，挂牌农商行。此外，贵州农商银行未来还有可能上市，成为公众公司，而贵州信用总社则不能上市。
总的来说，贵州农商行和贵州信用总社在性质、股东结构、治理结构和规模等方面都存在明显的区别。尽管它们都是服务于贵州省内的金融机构，但各自的角色和定位有所不同。