子女教育专项扣除在6月份毕业后仍然可以申报，即使是在升学的衔接期间。以下是具体的申报步骤：

1. **打开个税APP**：您需要在手机上打开个人所得税APP。

2. **选择专项附加扣除填报**：在APP首页选择“专项附加扣除填报”选项。

3. **选择扣除年度**：在出现的界面中选择您要申报的扣除年度。

4. **选择子女教育**：接着选择“子女教育”作为您要申报的扣除项目。

5. **确认纳税人信息**：系统会自动显示您的基本信息，确认无误后点击“下一步”。

6. **录入子女教育信息**：根据实际情况选择和录入子女的教育信息，包括当前受教育阶段、开始时间和结束时间等，然后点击“下一步”。

7. **选择扣除比例**：最后，选择您希望的扣除比例，然后点击“下一步”完成申报操作。

总之，如果您的子女是在连续性的学历（学位）教育过程中，即使中间有升学衔接期间，也属于子女教育期间，因此可以申报扣除子女教育专项附加扣除。