新成立的分公司进行总分机构备案主要是为了满足国家税收征管和工商注册的要求，以及便于总公司和分公司之间进行财务、业务等方面的统一管理和协调。具体原因如下：

1. 遵守法律法规：根据《公司法》、《税收征收管理法》等相关法律法规的规定，分公司需要在设立后办理总分机构备案手续。这有助于确保分公司合法经营，避免违反相关法规。

2. 税收征管：总分机构备案有助于税务部门对总分公司之间的业务往来、财务报表等进行有效监管，确保税收合规。分公司在办理备案后，需按照税务部门的要求，与总公司统一核算、缴纳税款。

3. 总公司管理：总分机构备案有助于总公司对分公司的经营情况进行全面了解和掌握，便于进行业务指导、财务监督和绩效考核等管理工作。

4. 便于协调沟通：总分机构备案有助于总分之间建立正式的业务联系，方便总公司与分公司在合同签订、资金往来、人力资源等方面的协调和沟通。

5. 统一标识：办理总分机构备案后，分公司可以正式使用总公司的企业名称、标识等，有利于提高分公司在市场中的信誉和知名度。

总之，新成立的分公司进行总分机构备案是一项必要的行政手续，有助于确保公司合法经营，同时也有利于总分之间的管理协调和业务发展。