在电视剧《三生三世十里桃花》中，素锦把素素当眼中钉肉中刺的原因是因为素素的存在会威胁到她的地位和安全。

素锦是先烈之后，封昭仁公主，天君的义妹，由大皇子央错和其妻子乐胥抚养长大。她从小单恋天君的长孙太子夜华，但夜华对其不曾动心。而素素是凡人，无法保护自己，所以素锦把素素当成了威胁，对其加以防范和限制。同时，素锦还因为自己无法得到夜华的心而嫉妒和怨恨素素。

总之，素锦把素素当眼中钉肉中刺的原因是多方面的，包括地位、安全、爱情等因素。