亚马逊河水中生活着凯门鳄、淡水龟，以及水栖哺乳类动物如海牛、淡水海豚等。陆地生活着美洲虎、细腰猫、西（貊）、貘、水豚、犰狳等。另有2500种鱼，以及1600多种鸟。

亚马逊河原产的物种：食人鲳、福寿螺、海伦娜闪蝶、勐仑王莲。