湖州市保护的动物包括：

1. 中华秋沙鸭 2. 白鹤 3. 白眉长尾雉 4. 中华鲟 5. 长江江豚 6. 中华鳖 7. 泉州鹤 8. 紫貂 9. 麝香 10. 金钱豹 11. 岩石兔 12. 红豆杉 13. 西湖龟 14. 大鲵 15. 金线蛇 16. 穿山甲 17. 象鼻蛇 18. 蛇颈龟 19. 斑节龟 20. 水龟 21. 大头鲸 22. 珍稀水鸟等。