高速收费站闯关上路车一般由交通管理部门负责管控。根据相关法律法规，驾驶员在通过高速收费站时必须按规定缴纳相应的费用，并遵守交通规则。如果有车辆未缴费或者违反交通规则闯关上路，交通管理部门会进行监管和处罚。