染馍通常使用天然植物制成的颜料，如红曲米、核桃壳、紫苏、菜花等。这些颜料能够为馍香增添一份自然的色彩，而且对健康无害。

其中最为常用的是红曲米，它可以为馍香带来漂亮的红色，而且还有助于乳酸菌的生长，增强馍香的酸味。

此外，还有些地方会使用一些稀有的植物制成的颜料进行染色，如云南的苏木，青海的甘草、石斛等。这些颜料虽然品种较少，但是色泽独具，能为馍香增加特有的香气和口感。