1、杀菌机理不同：
噻菌铜，双重杀菌机理，噻唑基团对细菌的独特防效，铜离子对真菌、细菌的优良防治作用。噻霉酮，主要包括破坏病菌细胞核结构，使其失去心脏部位而衰竭死亡和干扰病菌细胞的新陈代谢，使其生理紊乱。
2、产品制剂不同：
噻菌铜，制剂产品为黄绿色粘稠液体，比重为1.16-1.20，细度为4-8um，PH值为6-8，悬浮率97%以上，热贮54±2℃及0℃以下贮存稳定，遇强碱分解，在酸性下稳定。
噻霉酮，制剂外观为微黄色稳定的均相液体，比重1.02，ph 6-8。
3、剂型优点不同：
噻菌铜，是以水为介质的悬浮剂，不含有毒溶剂，不含甲苯、二甲苯，无粉尘污染，对环境友好，低毒安全，是无公害农药。
噻霉酮系列产品，剂型很多，有可湿性粉剂、微乳剂、水乳剂、涂抹剂、种衣剂、水分散粒剂、悬浮剂等，属于低毒农药。
噻菌铜，是浙江龙湾化工的发明专利产品，国内独家生产，国内唯一登记。
噻霉酮，国内有西大华特、辉丰生化和浙江宇龙生物等三家企业登记和生产原药。
5、登记防治作物病害不同：
噻菌铜，单剂，20%SC，正式登记了12个农作物15个病害，另外还有4个新作物（芋头、芹菜、西兰花和小葱的软腐病和黑腐病）正在申请扩展登记之中。主要以细菌性病害为主（正式登记12个细菌性病害：溃疡病、青枯病、软腐病、细菌性角斑病、叶斑病、细菌性穿孔病、细菌性条斑病、白叶枯病、溃疡病、黑胫病、软腐病、野火病），同时兼治真菌性病害（疮痂病、枯萎病、苗期立枯病等3个）。
噻霉酮，共有7个单剂和8个复配，国内3家企业（西大华特、辉丰生化和浙江宇龙生物），累计登记了8个作物15个病害。
噻霉酮，主要以真菌性病害为主（12个真菌病害：炭疽病、霜霉病、黑星病、晚疫病、轮纹病、稻瘟病、赤霉病、斑点落叶病、腥黑穗病、腐烂病、根腐病、炭疽病），以细菌病害为辅（3个细菌病害：条斑病、角斑病、野火病）。