可可托海和喀纳斯是中国新疆地区著名的两个高山湖泊，它们之间有以下几点区别：

1. 地理位置：可可托海位于新疆维吾尔自治区塔城地区，是中国第二大咸水湖；而喀纳斯位于新疆维吾尔自治区阿勒泰地区，是中国境内最大、最深的淡水湖。

2. 水质：可可托海是一座咸水湖，其水质咸度较高；而喀纳斯是一座淡水湖，水质较纯净。

3. 风景特色：可可托海周围的草原广阔，湖水呈浅蓝色，山岳环绕，景色较为开阔和平缓；而喀纳斯湖周围是高山森林环绕，湖水呈深蓝色，湖岸陡峭，景色更加壮丽和险峻。

4. 物种资源：可可托海是一个重要的鸟类栖息地，也有一些特殊的湖泊生态物种；而喀纳斯湖则是较为著名的蕨类植物保护区，有众多珍稀植物和动物种类。

总的来说，可可托海和喀纳斯都是中国西部地区的自然风景旅游胜地，但在地理位置、水质、风景特色以及物种资源等方面存在差异，各自具有独特的魅力。