核注清单和报关单是进出口贸易中的两种不同的单证，其主要区别如下：

1. 功能不同：核注清单是指在我国境内涉及进出口货物的报关单据，监管部门核对其申报内容并进行货物监管；而报关单是指进出口货物的申报单据，用于申报货物信息、缴纳税费等程序。

2. 使用场合不同：核注清单是对进出口货物的报关单据进行监管和核对，主要用于加强对进出口货物的监管和管理；而报关单是进出口货物在海关进行申报和缴税的必要单证，用于保障进出口贸易的合法性和规范性。

3. 适用范围不同：核注清单一般适用于货值较高、风险较大或需要特别监管的进出口货物；而报关单适用于所有进出口货物，不论货值大小。

4. 申报内容不同：核注清单需要申报货物的进口许可证、出口配额以及其他进出口有关许可证、证书等信息，而报关单需要申报货物的品名、数量、价值、产地、申报单位等信息。

综上所述，核注清单和报关单虽然都是进出口贸易中的单证，但其功能、使用场合、适用范围和申报内容等方面有所不同。在进出口贸易中，企业需根据实际情况选择合适的单证进行申报和管理。