菏泽市商转公积金的流程如下：首先，办理单位需要提供相关材料和申请表，然后员工提交个人申请表和身份证复印件，单位将相关材料提交至住房公积金管理中心审批，待审批通过后转入员工个人公积金账户。员工可通过个人公积金账户查询到账情况。