北京公司股东变更网上办理的流程如下：

登录北京市工商行政管理局网上服务大厅（http://bj.gsxt.gov.cn/）。

在网上服务大厅首页上，选择“企业登记”栏目下的“股东变更”选项。

选择“网上办理”选项，填写相关信息，包括公司名称、注册号、股东变更原因等。

上传相关证明材料，如股东变更决议书、股权转让协议书、身份证明等。

确认信息无误后，支付相关费用。

等待工商局审核，一般情况下，审核时间为3-5个工作日。

审核通过后，工商局将会发放《变更登记证明》。

需要注意的是，网上办理股东变更需要提供真实有效的证明材料，否则可能会被驳回或被罚款。同时，不同公司的股东变更情况可能会有所不同，具体的办理流程和所需材料可能会有所不同。建议您在办理前，仔细阅读相关规定和要求，或者咨询相关部门或专业人士。