如果商品车半挂车在运送期间发生事故，处理步骤通常如下：首先，需要报警并由交警做出责任认定。同时，通知保险公司并索赔。需要注意的是，对于车辆停运损失的赔偿，法院通常会结合单日停运损失和停运天数来确定具体数额。

若事故涉及车辆维修，可能需要将车辆送至汽修中心进行修理。在此过程中，所产生的合理停运损失属于间接财产损失，按照法律规定，当事人请求赔偿的，人民法院应当予以支持。

另外，对于运营损失的赔偿问题，如果牵引车和挂车分属不同的公司，所造成的损失也属于不同公司。牵引车和挂车都投有机动车保险，造成他人损失时，牵引车和挂车都应按照责任分别进行赔偿。同时，发生道路交通事故造成人身伤亡、财产损失的，由牵引车投保的保险公司在机动车交通事故责任强制保险责任限额范围内予以赔偿；不足的部分，由牵引车方和挂车方依照法律规定承担赔偿责任。

然而，如果挂靠在某运输公司营运的重型半挂牵引车未投保交强险及商业三者险，相应的赔偿责任应由车主和挂靠公司自行承担。因此，为了避免此类情况发生，建议所有运输车辆都必须按规定投保相关保险。