夜游珠江金航游轮和水晶号的主要区别在于船型和设施。

黄金航游轮采用的是传统的海上游轮设计，外观和内部设施都较为华丽，更能给人带来一种豪华感受；而水晶号则是较新的河流游轮，外观和内饰设计更加现代简洁，窗景效果更佳，更适合寻求清新体验的旅客。

同时，在设施方面，黄金航游轮拥有更多的餐饮、购物和娱乐设施，可以提供更加全面的服务，而水晶号则更注重纯净自然的小资生活体验，提供更加清淡的餐饮和休闲活动。

总之，选择哪款游轮应该根据个人喜好和需求进行选择。