入境菲律宾，商务签证主要会查以下内容：

签证类型和有效期：检查签证的类型是否正确，以及签证的有效期是否足够长，以确保入境者在签证有效期内可以在菲律宾停留，进行商务活动。

入境目的：检查入境者的入境目的是否与签证类型相符。商务签证适用于在菲律宾进行商务活动，如商务会议、商务考察、商务洽谈等。

入境文件：检查入境者是否携带了必要的入境文件，如护照、签证、机票、酒店预订证明等。

健康证明：对于某些国家的入境者，可能需要提供健康证明。

财务证明：对于商务签证的入境者，可能需要提供财务证明，以证明其有足够的经济能力在菲律宾停留和进行商务活动。

以上是入境菲律宾，商务签证会查的主要内容，具体内容可能因国家和地区而异。