异地医保住院报销比例低的原因主要有以下两点：

1. 就医前没有提前办理异地就医备案（包括住院）或转诊手续，导致报销比例降低。

2. 治疗项目和自费药品较多，社保报销比例为甲类全部报，乙类部分报，丙类不报，包含诊疗项目。因此，不同的治疗方案和用药选择会影响报销额度。

以上信息仅供参考，如需了解更多信息，建议咨询当地社保局工作人员。