北京新农合和社保是可以合并的，但是要到退休的时候，退休办手续时，把新农合的存折交给人力资源与社会保障局，工作人员就会把两者合并。但需要注意的是，新农合的工龄不会加到社保里面，只能把新农合里面的钱转到社保的账户里面。

另外，从2018年起，北京已经把“新农合”与“城镇居民医保”合并为“城乡居民医保”。

以上信息仅供参考，如需了解更多信息，建议访问北京社保局官网或咨询相关工作人员。