超启能恩2段和3段之间的营养差别主要体现在配方的钙含量和部分营养素的比例上。3段相对于2段，钙含量更高，为宝宝的骨骼发育提供更多的支持。此外，3段还增加了部分营养素的含量，例如维生素D、铁等，适合6个月以上的宝宝食用。因此，在选择超启能恩配方奶粉时，家长应考虑宝宝的不同生长发育阶段和营养需求，选择相应的产品。