建议选择书桌深度做550。理由如下：首先，550mm的深度已经足够满足日常使用需要，可以放置电脑、书籍、文件等常用物品。而600mm的深度可能会造成不必要的浪费空间，同时不太适合小面积的房间。

其次，550mm的深度可以让人保持正确的坐姿，在保证使用效率的同时不会产生一些不良的习惯，比如久坐导致的肩膀酸痛、腰痛等。因此，综合考虑，建议选择书桌深度做550。