1、最有效最安全的清理鱼粪的方法是生物分解。可以在鱼缸底部放上沙石，种一些植物，如水草、藻类等，人为的建立起一个生态过滤系统，对鱼的粪便以及食物残渣进行分解。分解后的物质还可以为水生植物提供营养，而植物通过光合作用，还会向鱼提供氧气；

2、在鱼缸中饲养清道夫，清道夫主要是以食物残渣、污物或者鱼类的粪便为食，可以在一定的程度起到清理鱼粪的作用；

3、利用虹吸原理进行鱼缸底部的清理，这种方法可以有效将鱼缸底部沉渣吸收，保证鱼缸水质的清洁。操作时需要准备一根塑料软管，将外面一头堵上，然后另一头放入鱼缸底部，靠近污物时松开外面的手指，让鱼缸底部的沉渣被吸出。