甲状腺特殊病种的报销方式主要有以下几种：

社保报销：如果参加了社会医疗保险，可以将甲状腺相关的医疗费用提交给社保部门进行报销。具体的报销比例和报销方式可以咨询当地社保部门或医院的医保窗口。

商业医疗保险：如果购买了商业医疗保险，需要查看保险合同中的相关条款，了解保险公司对于甲状腺疾病的报销政策和范围，然后提供相应的医疗发票和报销单据进行申请。

请注意，具体的报销政策和流程可能因地区和保险类型而异，建议咨询当地社保部门或保险公司以获取详细信息。