深户灵活就业者缴纳社会保险费的方式是：先注册成为社会保险参保人，根据自身情况和所在地的社保政策，选择基本养老保险，工伤保险或生育保险中的若干项，并缴纳社会保险费；然后凭借参保证明及完整的参保资料办理具有法律效力的社会保险登记证件。

社会保险费可选择现金缴费、月结缴费、年结缴费等多种方式，缴费时间按照缴费形式而定。

另外，在初次参保和参保范围变更等情况下，还需要向当地社会保险经办机构申报并办理参保手续。