南通理工学院月饼的馅料有多种选择，其中最受欢迎的是豆沙馅和莲蓉馅。豆沙馅是将红豆熬成糊状，加入糖和油制成的甜馅料，口感绵软香甜；莲蓉馅则是将莲子磨成泥，加入糖和油制成的馅料，口感细腻甜润。除了这两种经典馅料，南通理工学院月饼还有其他口味，如五仁、枣泥、芝麻等，每一种馅料都有其独特的风味和口感，让人们品尝到不同的美味享受。