电商涉嫌虚开处理主要涉及税务处理和法律责任两个方面。

税务处理：

补缴税款和滞纳金：如果电商企业被发现虚开发票，需要补缴相应的税款，并缴纳滞纳金。如果企业能够提供完整的交易资料，如磅单、资金流水等，证明交易的真实性，可能只需补缴增值税，而不需要加收滞纳金1。

刑事责任：如果电商企业的行为构成逃税罪，可能会面临刑事处罚。根据《中华人民共和国刑法》第二百零一条，情节严重的，可能会被处以3-7年的有期徒刑，并处以罚金2。

法律责任：

行政处罚：首次违规的企业可以在规定时间内补缴税款，并可能免于刑事责任，但需缴纳0.5-5倍的罚款和万分之五的滞纳金3。

刑事处罚：对于多次实施虚假纳税申报或者不申报，逃避缴纳税款数额较大且占应纳税额一定比例以上的行为，可能会被处以三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金2。

在处理电商涉嫌虚开的问题时，税务机关会进行详细的调查和取证，包括检查企业的记账凭证、资金流水、合同资料等，并对相关人员进行询问，以确定企业的行为是否构成虚开发票1。一旦被证实，企业将面临相应的税务处理和法律责任