我了解到，蓬安县赤脚医生补助一般是在年底发放。具体发放时间可能会有些浮动，你可以向当地的卫生部门或财政部门咨询确认。一般来说，符合条件的赤脚医生需要在年度考核中达标，才能享受相应的补助。同时，如果赤脚医生从事危险性比较高的工作，例如驻村期间发生工伤或者疾病，还可以申请相应的保险或救助。