是的，四十五天的边境牧羊犬宝宝可以驱虫。在宝宝长大过程中，多次驱虫是必要的，因为幼犬身体内的的寄生虫会影响其免疫系统的正常发育，导致生长发育不良、易患疾病。

宝宝可以在45天时进行虫卵检测，通过定期的驱虫程序来预防和治疗消化道寄生虫感染，促进宝宝的健康成长。不过需要注意的是，不同的虫药应该使用不同的驱虫策略，并咨询兽医师的建议。